真核有參轉(zhuǎn)錄組
產(chǎn)品簡介
轉(zhuǎn)錄組（Transcriptome）是一個生物體內(nèi)所有基因在特定時期和特定組織或細(xì)胞類型中表達(dá)出的所有信使RNA（mRNA）的集合，即轉(zhuǎn)錄組是一個生物體內(nèi)所有基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物總和。它反映了細(xì)胞在某一生理?xiàng)l件下所有基因表達(dá)的整體情況，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)。
技術(shù)優(yōu)勢
1.價格公道合理。
2.樣品處理經(jīng)驗(yàn)豐富。
3.分析內(nèi)容豐富，一站式科研解決平臺。
儀器平臺
Illumina/T7靈活可選
服務(wù)流程
分析內(nèi)容
生信分析條款 | 分析內(nèi)容 |
標(biāo)準(zhǔn)信息分析 | 1.測序數(shù)據(jù)過濾 2.參考基因組比對 3.新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測 4. SNP和INDEL檢測 5.差異剪接基因檢測 6. 基因表達(dá)量計(jì)算（基因比對率及表達(dá)數(shù)目統(tǒng)計(jì)、Reads 對轉(zhuǎn)錄本的覆蓋度及分布、樣品間的相關(guān)性、PCA 分析、樣品中基因表達(dá)量的分布、樣品間及組間的基因表達(dá)情況） 7 差異表達(dá)基因檢測 8. 差異表達(dá)基因維恩圖分析 9. 差異表達(dá)基因?qū)哟尉垲惙治?/p> 10. 差異表達(dá)基因GO功能分析 11. 差異表達(dá)基因Pathway功能分析 12. 差異表達(dá)基因轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測 13. 差異表達(dá)基因蛋白互作分析 |
高級信息分析 | 與客戶協(xié)商后，按照實(shí)際情況執(zhí)行 |
送樣建議
樣本類型 | 推薦起始量 | 保存/運(yùn)輸方式 |
細(xì)胞 | >5×106 | 液氮速凍，-80℃保存，干冰運(yùn)輸 |
動物組織 | >50mg | 液氮速凍，-80℃保存，干冰運(yùn)輸 |
植物組織 | >100mg | 液氮速凍，-80℃保存，干冰運(yùn)輸 |
結(jié)果展示
案例分析
中科院昆明動物所基于基因組學(xué)和感染轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了北平頂猴I型艾滋病病毒（HIV-1）持續(xù)性感染的免疫調(diào)控機(jī)制，為構(gòu)建合適的HIV-1非人靈長類動物模型提供了科學(xué)數(shù)據(jù)。相關(guān)研究論文“Genomic evidence for the nonpathogenic state in HIV-1-infected northern pig-tailed macaques”在線發(fā)表在國際知名學(xué)術(shù)期刊Molecular Biology and Evolution。
缺乏直接感染I型艾滋病病毒（HIV-1）的動物模型是制約艾滋病研究的關(guān)鍵瓶頸之一。為構(gòu)建可直接感染HIV-1并發(fā)展為艾滋病的合適非人靈長類動物模型，研究者通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了北平頂猴HIV-1持續(xù)性感染的免疫調(diào)控機(jī)制。對HIV-1感染北平頂猴后連續(xù)時間點(diǎn)的外周血單核細(xì)胞進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序，篩選與HIV-1復(fù)制水平低下相關(guān)的候選基因。發(fā)現(xiàn)在HIV-1感染北平頂猴后上調(diào)的基因中，有一部分干擾素誘導(dǎo)基因（ISG）在感染1-2周迅速上調(diào)，其中IFI27基因上調(diào)顯著。北平頂猴的IFI27基因與人的同源基因相比發(fā)生大量突變。在體外過表達(dá)和敲低實(shí)驗(yàn)中，均發(fā)現(xiàn)北平頂猴IFI27可能是北平頂猴特異的HIV-1限制因子，可特異地抑制HIV-1復(fù)制，這可能也是HIV-1在北平頂猴中低水平復(fù)制的機(jī)制之一。
